Mikrodestičky jsou pečlivě navrženy tak, aby splňovaly požadavky různých experimentů. Za prvé, jamky mají typicky kruhový nebo čtvercový tvar. Kruhové jímky nabízejí výhodu rovnoměrnější distribuce kapaliny, čímž se minimalizují okrajové efekty, zatímco čtvercové jímky umožňují efektivnější využití prostoru a vyšší hustotu jímek. Za druhé, dna studní se dodávají v různých provedeních, přičemž nejběžnější jsou dna ploché, kulaté a ve tvaru U.

Mikrodestičky s plochým dnem jsou vhodné pro optická měření – jako je detekce absorbance a fluorescence – protože poskytují rovný povrch pro analýzu. Mikrodestičky s kulatým dnem jsou ideální pro buněčné kultivace a sedimentační testy, které umožňují agregaci buněk na dně jamky. Mikrodestičky s U-dnem se často používají pro testy buněčné aglutinace a další postupy vyžadující peletizaci buněk. Kromě toho mají okraje mikrodestičky často vyvýšené nebo zapuštěné oblasti pro usnadnění manipulace a umístění během experimentálních postupů.